脑血栓的急性期治疗主要以溶栓为主。新型溶栓剂：阿替普酶，副作用小、再通率高，已经很广泛的用于临床，基本上取替了链激酶及尿激酶。此外新型抗凝药如利伐沙班、氯吡格雷等也应用极其广泛，但是拜阿司匹林、血塞通仍然是经典抗脑血栓的药物。脑血栓恢复期改善脑循环、营养脑神经细胞的新药也层出不穷，如棓丙酯、依达拉奉、奥扎格雷、甲钴胺、复方三维B等等。
脑血栓又称为动脉粥样硬化性血栓形成。在临床上，抗血小板的药、他汀类药物和降压药，被称为脑梗预防的三大基石。因此在其药物治疗方面，具体分析如下：
1、抗血小板的药物：例如临床常用的有阿司匹林肠溶胶囊或硫酸氢氯吡格雷片，作用是防止血液中的血小板聚集和进一步的血栓形成；
2、他汀类药物：例如临床常用的有阿托伐他汀钙片、瑞舒伐他汀钙片等，其作用是控制动脉粥样硬化的进展，稳定和缩小动脉粥样硬化斑块；
3、降压药：除此之外，则针对引起动脉粥样硬化的危险因素进行治疗，其中最常见的危险因素是高血压；
4、其他药物：除此之外，高脂血症、糖尿病、高同型半胱氨酸血症、高尿酸血症，以及吸烟、嗜酒、缺少运动等，也是动脉粥样硬化的危险因素。如果存在着上述的危险因素，都需要先改变不良的生活方式。在此基础上，如果指标都不能达标，就需要药物治疗。例如高同型半胱氨酸血症病人，一般是需要服用叶酸、维生素B6和B12。B族维生素会参与同型半胱氨酸的代谢，在叶酸B6、B12的辅助下，可以转化为蛋氨酸和半胱氨酸，以降低同型半胱氨酸。脑血栓患者可用的药主要如下：
1、长期用抗血小板聚集以及他汀类调脂的药物，如阿司匹林、氯吡格雷、阿托伐他汀等，具有稳定血管内斑块的作用，可有效的预防血栓的形成。
2、也可在医生指导下用脑血康胶囊、银杏叶片、脑心通软胶囊、血塞通胶囊、消栓再造丸、维脑路通片、丹参片等都具有活血化瘀，促进血液循环的功效。
3、营养神经和营养脑细胞的药物，有甲钴胺片、吡拉西坦片、维生素B6和B12等。
治疗脑血栓的药物有以下几种：
第一、溶栓药物，溶栓是目前最重要的恢复血流措施，重组组织型纤溶酶原激活剂（rtPA）和尿激酶，是我国主要使用的溶栓药物。
第二、抗血小板聚集药物，对于不符合溶栓适应症，且无抗血小板禁忌症的脑血栓患者，应在发病后尽早给予口服阿司匹林或氯吡格雷的抗血小板治疗。
第三、降纤药物，对不适合溶栓，并经过严格筛选的脑血栓患者，特别是高纤维蛋白血症者，可选用降纤治疗，常用的药物包括巴曲酶、降纤酶等。
第四、神经保护药物，依达拉奉是一种抗氧化剂和自由基清除剂，能改善脑血栓的功能结局，其安全性较高。
第五、丁苯酞治疗，丁苯酞可改善侧枝循环，从而改善症状。
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